Seit Februar 2002 arbeitet Heinz Stiefelmeyer beim Bundesministerium für Landwirtschaft, Regionen und Tourismus (BMLRT) in Wien, wo er die Position des Leiters der Abteilung Hochwasserrisikomanagement innehat. In dieser Funktion ist er verantwortlich für die Finanzierung von Hochwasserschutzmaßnahmen und die fachliche Umsetzung der EU-Hochwasserrichtlinie. Des Weiteren hat er sich intensiv mit dem Feuchtgebiets- und Auenschutz im Rahmen des Hochwasserrisikomanagements beschäftigt. Ein wichtiger Bestandteil seiner Aufgaben ist auch die Bewusstseinsbildung und die Förderung von Eigenvorsorgemaßnahmen im Zusammenhang mit Hochwasser.
Vor seiner Tätigkeit beim BMLRT war er von 1989 bis 2002 bei der Wasserstraßendirektion in Wien beschäftigt. Während seiner Zeit dort hatte er verschiedene Leitungsfunktionen inne und war zuletzt als Leiter der Abteilung Wasserbau tätig.
Seine akademische Ausbildung absolvierte Stiefelmeyer an der Technischen Universität Wien, wo er im Jahr 2001 sein Doktoratsstudium der technischen Wissenschaften erfolgreich abschloss. Sein Studium begann er im Jahr 1981 und schloss es 1988 mit einem Abschluss in Bauingenieurwesen, Studienzweig Wasserwirtschaft und Wasserbau an derselben Universität ab.